Análise Estrutural de Inibidores de Integrinas

O Docking Molecular participa do desenvolvimento de áreas como Biologia Computacional, Farmacologia e Biologia Estrutural. Principalmente quando compete ao desenho racional de fármacos, experimentos de docking têm função central na escolha de moléculas líderes. Entretanto, diversos programas surgiram nos últimos anos, capazes de predizer com certa precisão matemática a disposição de ligantes no sítio de ligação. Precisão matemática não garante resultados "correspondentes-ao-experimental", quando a interação envolve estruturas proteicas complexas, mobilidade ou cofatores. Até mesmo programas renomados e profissionais como Glide, Gold, SwissDock e AutoDock falham em caracterizar complexas, contudo, importantes interações biológicas. Neste trabalho, nós realizamos experimentos de docking com quatro programas de uso livre, observando similaridades e diferenças em seus padrões de resultados, comparando os resultados de energia livre de ligação (ΔG), mas principalmente observando como a contribuição eletrostática de metais é calculada em cada caso.